到了新帝元年，作为先帝时期的旧臣，皇帝本着安抚的意思迁黄希滚为通议大夫、兵部右侍郎。康熙六年索尼死，朝中官职变动，黄希滚在被提拔加一级臣晋通奉大夫、兵部左侍郎。康熙九年八月，因为当年在除鳌拜一事上，黄希滚算是出力，总算是得到了太皇太后多看一眼。也是因为这样黄希滚也算是迎来了十一年后，再次被皇帝器重。十月，拜东阁大学士兼兵部左侍郎时兼武英殿总官，而陈凯永这个同僚任东阁学士兼武英殿主考官。
康熙十二年二月至七月兼兵部尚书衔，壬子黄希滚率兵前往湖广之地平抚“三藩”叛乱，率军经略抵御参与叛乱的耿精忠等部，以平寇荣绩有旨复召入阁，皇帝再次将黄希滚安排在兵部务直讲筵官，其它兼官如故。
而黄希滚在内阁和兵部一呆就是八年，直到三藩之乱彻底平定后，康熙二十年十月，皇帝已经赏赐了有功的将士，而黄锡衮以病请辞归家皇帝自然也是恩准了黄希滚的请求，本来官职就是不多，皇帝正愁怎么安排有功之臣，黄希滚自己就给了皇帝台阶下。于是皇帝痛快的保留了黄希滚的武英殿大学士衔，但是其它官职一概免除。
不过虽然是这样，但是皇帝依旧还是准许黄希滚能够参政。这也就有了刚开始在乾清宫的商议了，为了施琅和黄家的将来，黄希滚也顾不得那么多了。